自从上一集牛仔伍迪救回巴斯光年之后,他一直和其他玩具一起快乐的生活在小主人家。一次,小主人参加夏令营去了,伍迪因为破旧而没被带去。留在家里的伍迪恰巧被一个玩具收藏家发现了,认为他是近代最具代表性的玩具。于是将伍迪被偷了出来放在颇富盛名的文化博物馆内展览。在家里所有的玩具 都很担心伍迪,因此巴斯光年自告奋勇去寻找伍迪,但是当他们发现伍迪在展览馆时, 伍迪却似乎不再愿意回去过那平凡的生活……
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒,身份不明的绫波丽,从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾,14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切,一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
游戏天才常瞬性格高傲自负、倔强叛逆、目中无人,在网瘾戒治中心处处不配合所谓的“治疗”,最终受到最大电量的电击惩罚,心跳停止。再次醒来的常瞬发现自己身处于一个没有警局、没有医院的奇异世界,成为神秘组织的成员孤雁的“财产”,一旦被召唤必须立刻赶赴竞技场进行比赛,否则将接受蛇环的惩罚。常瞬在团队中我行我素,仗着技术超群,在游戏中霸道抢占发育资源,只要求队友配合自己,却从不听队长指挥或配合队友导致队伍团灭落败。落败的孤雁队依据规则需处死一人,孤雁选择常瞬,赵鹤却以队长之职站出来,主动代替常瞬死去,赵鹤希望以自己的死触动常瞬,让常瞬改变自我,协助孤雁获得胜利拯救竞技场。在队友燕枫和赵鹤留下的影像资料的开导下,常瞬认识到电竞是一个团队游戏,靠一个人不可能永远成功,只有获得伙伴的协助才能取得最终胜利。于是常瞬率领队友以失败之组对阵花背,在这场艰巨挑战中,一旦落败就意味着全员死亡。常瞬队伍精彩翻盘,最终取得胜利。 胜利后常瞬面前出现了三枚戒指,孤雁告知常瞬,这代表着三个选择:他可以回到他之前的世界;也可以和花背的队伍一样,留在这个世界;又或者面对真相。选择面对真相的常瞬,再次睁眼醒来后,面前的世界似乎和以前一样,但却更加神奇,世界的真相即将在他面前揭晓。