本作讲述的是这样一个故事:回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思(キース・フリック)追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯,通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。“B”其实是为了她的留言。“我在这里……”即使是身体变成了异形,黑羽也继续刻下无法传递的思念。基思和黑羽,两个未曾相见的人的命运终于被一个同样的阴谋卷在一起。
天地分为上古大荒与现世人间两界,由太极壁垒相隔,域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力;天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神,各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命,却因两界崩塌意外坠落现世人间,记忆散落、身份隐于市井;反派夜幕组织膜拜异境暗力,妄图搜罗上古符文与十二玉佩,撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地,还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机;十二神兽在现世陆续觉醒,一边集结同伴、寻找远古符文下落,一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙,他们心怀守护苍生之志,平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则,最终舍弃重返破败大荒的执念,集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒,留守现世人间,世代镇守天地平衡,成为守护人间安稳的十二秩序者。
陨石坠落后的第十年,由于巨大结晶释放出的神秘粒子“梅比乌斯之尘”的影响,一部分孩子获得了名为“拉姆斯”的特殊能力。这些特殊能力者由于生存范围受到限制,被禁止离开“新胜鹿镇”。为了排解无法离开的烦闷,高中生荒木与妹妹斯特拉、青梅竹马奥尔加等人组成“警跃者”队伍,运用异能全身心投入到争夺领地的游戏中。然而,直到有一天,“拉姆斯”的研究者汤田博士请求他们协助一项实验,荒木等人决定参与其中,他们的命运由此开始转动。