该片讲述了一个牧羊少年因目睹一起杀人案,竟被人推下悬崖。一个平民在孤独的抗议,被当街射杀,尸体在流血,无人问津。正直的警察局长蓬纳维亚早就对法律的公正丧失信心,雇凶不成,就自己充当杀手,干掉了这一切罪恶的幕后黑手——一个名义上的地产承包商罗蒙诺。而自己在自首后,被买通的犯人在狱中杀害。
继上一次的怪兽高燃对战之后,金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁,并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时,上古之战的面纱也将会被揭晓,而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物,并深刻影响了人类世界的命运。