从前有位“光之巨人”,他负责保卫世界和平,对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系,并在使命完成后离开了地球。时至今日,人类已进入了繁荣时代,但这只不过是和平的假象...现在,世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时,一个新的英雄出现了,他继承了光的基因。但是他并不高大,是一名中等身材、多愁善感的高中生,穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎,是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼,一个新的故事就此展开。
本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护,仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望,掀起了一场灭世激战!其弟岳无病为阻止岳无疾,与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序,历经两百年稳步发展,再度让云月大陆仙道复兴,重回昌盛格局,而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机,也悄然埋藏于大陆之中,为后续剧情埋下伏笔。
16岁的少年三栗智和在某个夜晚做了个奇怪的梦。在这个未曾见过的梦世界里,看到一个少女在和敌人战斗。在那个梦世界智和有着不可思议的力量,并给予少女那个力量来击退敌人。智和就在这种迷惑下醒来,并且感到吃惊的是,醒来后发现梦中出现的少女就出现在自己旁边。除了神秘的美少女“莫奈”以及生活在一起的堂姐妹千条七濑与千条九叶,还有就是从小青梅竹马的水月,现实在梦世界的战斗现在从这里开始!