故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突,因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯(Titans)结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段,反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干,港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年(U.C. 0087),前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗,中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场,与奥干、泰坦斯角力周周旋,展开激战。
故事发生在日本的元志元年,江湖险恶,人心动荡。为了复仇,个头矮小父母双亡的少年铁之助(小林由美子 配音)以成为“鬼”为目标,要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里,铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司(斋贺弥月 配音),以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三(中田让治 配音)。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩,而柔弱的少女沙夜(高桥美佳子 配音)更是撩动了少年稚嫩的心弦。 在新撰组内,严明的纪律必不可少,有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员,看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命,铁之助在心里暗下决心,要让这武士道精神流传下去。